亚洲欧美一级视频_国产精品免费视频拍拍拍_久久精品国产99精品国产亚洲性色_91中又中文字幕_欧美国产精品亚洲色

您好!歡迎訪問上海起發(fā)實(shí)驗(yàn)試劑有限公司網(wǎng)站!
全國(guó)服務(wù)咨詢熱線:

15921799099

當(dāng)前位置:首頁 > 技術(shù)文章 > klentaq聚合酶常見問題解答?

klentaq聚合酶常見問題解答?

更新時(shí)間:2022-06-21      點(diǎn)擊次數(shù):2683

 

klentaq聚合酶常見問題解答

 

答:Klentaq 是 Taq 的截短版本,缺少酶的 5'>3'-外切核酸酶結(jié)構(gòu)域。Klentaq 提高了保真度,并且比 Taq 更耐熱、更堅(jiān)固。Omni Klentaq 與 Klentaq 的保真度沒有受到影響。Cesium Klentaq 的保真度略高于 Klentaq。其余突變酶的保真度尚未*確定。

與*級(jí)商業(yè) Taq 相比,我們的突變酶的敏感性不會(huì)因犧牲其特殊的抑制抗性或冷敏感性特征而受到損害,并且允許從人類 DNA 中檢測(cè)單基因拷貝。對(duì)于高產(chǎn)量擴(kuò)增,Klentaq 酶通常需要比 Taq 更長(zhǎng)的延伸時(shí)間,我們建議每個(gè) 1 kb DNA 靶標(biāo)延伸 3-4 分鐘。

 

 

答:“LA”代表“長(zhǎng)而準(zhǔn)確”。LA 酶與校對(duì)器混合,并以更好的保真度執(zhí)行。此外,它們是長(zhǎng) DNA 靶標(biāo)的優(yōu)選酶,它們的表現(xiàn)異常出色。此外,它們通常更穩(wěn)健,因此短目標(biāo)擴(kuò)增也可以從中受益。

*關(guān)于長(zhǎng)靶點(diǎn)的提示:對(duì)于純化的 DNA 模板,考慮酶濃度至少為 0.1 ul/1 kb 靶點(diǎn)/50-100 ul 反應(yīng)體積,并允許每 1 kb 靶點(diǎn)有 3-4 分鐘的延伸時(shí)間。對(duì)于粗制樣品,可能需要更多的酶,具體取決于抑制水平(強(qiáng)烈建議使用酶滴定法)。考慮包括我們的 PEC 增強(qiáng)劑。

答:我們的新型酶是 Taq DNA 聚合酶的突變體,經(jīng)過特別挑選,因?yàn)樗鼈儗?duì)廣泛使用的強(qiáng)效 PCR 抑制劑具有高度抗性,例如全血、血清、血漿、尿液、腐殖酸、膽汁鹽、植物組織提取物、各種食品相關(guān)抑制劑、GITC、乙醇等。因此,這些酶可以在大多數(shù)商業(yè) Taq 產(chǎn)品無法執(zhí)行的水平上耐受 PCR 中的此類抑制劑。Taq 突變體的這一*功能允許對(duì)各種臨床、環(huán)境和法醫(yī)原始樣品進(jìn)行直接 PCR,從而跳過 DNA 提取步驟。我們的 PCR 增強(qiáng)劑雞尾酒 (PEC) 專為大多數(shù)抑制性粗制 PCR 樣品配制,可進(jìn)一步提高反應(yīng)對(duì)抑制劑的耐受性。此外,我們的一些 PEC 旨在幫助處理困難的、富含 GC 的目標(biāo)。

答:我們*的突變 Taq 酶選擇,對(duì)各種強(qiáng)效 PCR 抑制劑具有耐受性,連同我們的 PCR 增強(qiáng)劑,可實(shí)現(xiàn)各種直接 PCR 應(yīng)用,在許多情況下跳過 PCR 之前的 DNA 提取。酶/增強(qiáng)劑的選擇取決于抑制物質(zhì)的類型和濃度、qPCR 檢測(cè)的類型、熱啟動(dòng) PCR 依賴性、模板的 GC 含量和其他因素。請(qǐng)參閱表格“哪種酶適合我”和“哪種增強(qiáng)劑適合我”。

答:我們所有的酶都非常適合嵌入染料,例如 SYBR Green。實(shí)際上,它們對(duì) SYBR Green 的抗性比野生型 Taq 高 2-3 倍(這種染料在 1X 以上濃度時(shí)對(duì)普通 Taq 的 PCR 有抑制作用),這使它們?cè)?qPCR 中具有一定的優(yōu)勢(shì),特別是在一些熒光淬滅的反應(yīng)中.

對(duì)于 TaqMan 檢測(cè),我們只推薦我們的全長(zhǎng) Taq 突變體(OmniTaq 系列或 CesiumTaq),但不推薦 Klentaq 突變體,因?yàn)樗鼈內(nèi)狈η懈?TaqMan 探針?biāo)璧?5'>3'- 核酸外切酶活性。

提示:對(duì)于復(fù)雜/抑制性 qPCR 樣品,全長(zhǎng) Taq 和 Klentaq 酶的 1:1 混合物可能比單獨(dú)使用全長(zhǎng)酶效果更好。(Klentaqs 通常更堅(jiān)固,半量的全長(zhǎng) Taq 酶足以用于探針切割)。如果你想試試這個(gè),兩個(gè)緩沖區(qū)也應(yīng)該以相同的比例混合。

注意:我們的酶的 LA 版本不是適合 TaqMan 檢測(cè)的,因?yàn)樗鼈兙哂行?duì)器活性。

答:我們建議您選擇 Omni Klentaq、Omni Klentaq 2、OmniTaq 或 OmniTaq 3,必要時(shí)與 PEC 結(jié)合使用。我們強(qiáng)烈建議對(duì)此類粗樣品進(jìn)行酶滴定,因?yàn)楦嗟拿赣兄诟嗟难骸U?qǐng)記住,血液樣本的最佳酶量可能遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過純化 DNA 樣本的最佳酶量,過量的酶可能導(dǎo)致過度擴(kuò)增。通常推薦使用純化 DNA 的酶量減少 5-10 倍。如果更高量的酶(至少 1 ul/25 ul 反應(yīng))不能令人滿意,您可以加入 PEC 增強(qiáng)劑以進(jìn)一步增強(qiáng)血液抵抗力。我們不建議您將 PEC 用于您的純化 DNA,除非目標(biāo)是富含 GC 且堅(jiān)韌的。 

您也可以使用我們用這些酶配制的 5X PCR 試劑盒(提供方便,但限制了滴定酶的選擇)。

根據(jù)循環(huán)條件,我們建議您使用針對(duì)目標(biāo)優(yōu)化的 PCR 方案進(jìn)行兩個(gè)更改: A. 在 94-95 度下引入更長(zhǎng)的初始加熱步驟,即 8-10 分鐘。在騎自行車之前,以及 B. 延長(zhǎng)時(shí)間的兩倍或三倍。請(qǐng)注意:如果您使用 PEC 增強(qiáng)劑,請(qǐng)記住它可能會(huì)將您的最佳退火溫度降低幾度。

注意:在為您的應(yīng)用選擇合適的酶后,同樣的注意事項(xiàng)也適用于其他抑制性粗樣品。

答:是的,在協(xié)議中進(jìn)行了一些簡(jiǎn)單的更改。我們的新型酶在 PCR 中可以抵抗高達(dá) 40% 的血液。因此,在血液的 qPCR 中,擴(kuò)增應(yīng)該沒問題(如果你想在瓊脂糖凝膠中運(yùn)行它們,你應(yīng)該看到預(yù)期的產(chǎn)品)。然而,qPCR 中擴(kuò)增產(chǎn)物的光學(xué)檢測(cè)的并發(fā)癥源于血紅素的熒光猝滅效應(yīng)。如果您使用 SYBR Green,解決此問題的方法是簡(jiǎn)單地將輸入染料濃度提高到 20-30 X(對(duì)于 5-10% 的血液),甚至更高,具體取決于血液濃度。這將補(bǔ)償淬滅效應(yīng),并減少背景。

如果您使用 TaqMan 檢測(cè),同樣由于血液的淬滅作用,我們建議將熒光探針濃度提高到 400-500 nM,并且不超過 4-5% 的血液。

注意:如果您擴(kuò)增血清、血漿或其他非淬滅粗樣品,則無需更改這些方案。

答:有些 DNA 提取試劑盒不能*去除起始材料中的 PCR 抑制劑,例如血液或植物組織成分或腐植酸,甚至?xí)胍恍┮种苿?,例如微量的苯酚、氯仿、硫氰酸胍或乙醇。在仔?xì)滴定酶后,可以通過使用我們的 Taq 抑制劑抗性突變體來消除這個(gè)問題。(與粗制 PCR 樣品相比,這對(duì)我們的酶來說應(yīng)該是一項(xiàng)相對(duì)“容易”的工作,并且您必須確保您不會(huì)過量使用酶)。

答:我們的冷敏感酶,例如 Cesium Taq、Cesium Klentaq AC 和 Cesium Klentaq C,在低溫下表現(xiàn)出抑制的活性,而在 65 度以上時(shí)它們變得*活躍,因此在 PCR 中具有內(nèi)在的熱啟動(dòng)性能。與涉及抗 Taq 抗體或酶化學(xué)修飾的熱啟動(dòng) Taq 配方不同,它們不需要對(duì)循環(huán)條件進(jìn)行任何更改。

答:一些 Taq 制造商提供的酶單位濃度是由傳統(tǒng) DNA 聚合酶活性測(cè)定法的略微修改版本確定的,該測(cè)定法是早期為非熱穩(wěn)定性 DNA 聚合酶開發(fā)的。該測(cè)定基于相對(duì)簡(jiǎn)單和“容易”的反應(yīng),僅測(cè)量核苷酸在 72 度下?lián)饺霂锌诘?DNA 中,不考慮 PCR 條件下重要的酶質(zhì)量,例如熱穩(wěn)定性和持續(xù)合成能力。因此,它本身不是 PCR 檢測(cè),并且不提供實(shí)際的“PCR 單位”。因此,它可能無法顯示和預(yù)測(cè) PCR 中真正的酶性能。因此,我們與其他制造商一樣,相信為每個(gè)反應(yīng)提供推薦的酶量對(duì)于最終用戶來說更加可靠和實(shí)用。

 

Wayne Barnes 耐熱酶的常見問題解答表

[實(shí)際上,這張表只有答案,沒有問題。]

Klentaq1 是 Taq DNA 聚合酶的 Klenow 片段類似物。它是已知的最熱穩(wěn)定的 Taq 形式,它沒有任何外切核酸酶或內(nèi)切核酸酶,并且其晶體結(jié)構(gòu)是已知的 [4]。

LA PCR 是長(zhǎng)而準(zhǔn)確的 PCR [1]。

根據(jù)美國(guó) 5,436,149,后綴 LA 表示已混入少量校對(duì)酶。

KlentaqLA (KTLA) 或 TaqLA 或 TthLA 是高溫下進(jìn)行長(zhǎng) DNA 延伸的最佳酶,例如引物定向誘變、長(zhǎng) PCR 或高保真 PCR,或用 PCR 產(chǎn)物引發(fā)(大引物)。(這些“酶”實(shí)際上是混合物,美國(guó) 5,436,149,由 Wayne Barnes 發(fā)明,現(xiàn)在由日本 Takara BIO, Inc. 所有)。

- 觀看此空間以了解我在保真度方面的改進(jìn)。

- TaqLA 由 Boehringer-Mannheim 出售為“Expand”,Takara Shuzo 出售為“ExTaq for LA PCR”,Life Technologies 出售為“Elongase”。

- Perkin Elmer 以“Tth XL”出售 TthLA,Clontech 以“Advantage Tth”出售 - Stratagene 的“TaqPlus”和“Taq Extender”也申請(qǐng)了美國(guó) 5,436,149。

“LA 技術(shù)”是將兩種耐熱酶混合在一起以獲得更長(zhǎng)、更準(zhǔn)確(更高保真度)的 DNA 延伸的概念,通常用于 PCR。由 Wayne M. Barnes、美國(guó) 5,436,149 和國(guó)外同行發(fā)明。該現(xiàn)在歸 Takara Shuzo 所有

以下兩種推薦的緩沖液都假定您添加的 dNTP 和它們自己的(等摩爾)鎂。如果您要添加 250 uM 每個(gè) dNTP,請(qǐng)?zhí)砑宇~外的 1 mM 鎂(最終 3.5 mM)以實(shí)現(xiàn)此目的。
我們通過儲(chǔ)備 10 mM 每個(gè) dNTP、40 mM MgCl2(“10/40”)來做到這一點(diǎn)。然后,以下緩沖液將在 1X 時(shí)提供最佳的“過量”鎂。[您可能更愿意在下面添加額外的 10 mM MgCl2,然后添加不含 Mg

的 dNTP。] Tris-HCl 原液由 Trizma Base 和 HCl 制成,濃度為 1 M Tris。然而,在室溫下以 50 mM 在其他普通水中讀取 pH 值。

* Klentaq1、KlentaqLA 和 Taquenase 的 10xKLA 為

* 500 mM Tris-HCl pH 9.2;160 mM 硫酸銨;25 毫米氯化鎂;1% 吐溫 20。

* Taq 和 TaqLA 的 10xTLA 相同,但只有 7.5 mM MgCl2。

* 包括用于高 GC 目標(biāo)和多重 PCR 的最終 1.3 M 甜菜堿。還將加熱步驟減少到 92-93 度。C. [從參考修改。2 & 5]

我們的“基準(zhǔn)強(qiáng)度”Klentaq1、KTLA 和 TAQUENASE 相當(dāng)于 wt Taq 的活性,如果它們用于 2 kb 的擴(kuò)增。也就是說,0.1 ul 正好適合 50 ul 的反應(yīng)大小。(野生型)Taq 的其他供應(yīng)商將此稱為 5 單位/ul;我們稱其為“5 個(gè) 2kb-PCR 單元”/ul。更長(zhǎng)的目標(biāo)需要更多的 Klentaq1,最大為 0.65 ul/50 ul(目標(biāo)大小為 35 kb;需要 KTLA 而不是 Klentaq1)。對(duì)于小于 2 kb 的目標(biāo),需要更少的 Klentaq1(但 0.1 ul 仍然可以)。

對(duì)于 2 kb 以下的 PCR 目標(biāo),如果延伸溫度降低到 60 度,則需要 1/2 的酶(TaqLA 或 KlentaqLA)。并且延伸時(shí)間有所增加(即從 5' 到 8' 或 10')。

Klentaq1 適用于短 PCR、RAPD 等。對(duì)于循環(huán)測(cè)序,它非常出色,但與 Taquenase 相比,它現(xiàn)在是舊技術(shù)。

KlentaqLA 是否在其 PCR 產(chǎn)物上留下鈍端?部分是,部分不是。Klentaq1 確實(shí)添加了額外的 A。然而,要有效地做到這一點(diǎn),需要一個(gè)額外的最后延長(zhǎng)時(shí)間(20-30 分鐘)?;旌衔镏械男?duì)
酶預(yù)計(jì)會(huì)去除這個(gè)額外的 A。哪一個(gè)獲勝可能取決于您的 PCR 反應(yīng)在完成
循環(huán)后得到的確切處理。可能性是
:4度過夜。
灣。25度吃午飯。
C。68度的咖啡。
d。上述任何一項(xiàng),然后在 25 度時(shí)打個(gè)電話。
e. 上述以外。
- 我是否完成了上述實(shí)驗(yàn)條件,然后檢查了
DNA 的末端?否。
- 我是否將我的產(chǎn)品克隆到平端載體中?是的,在 T4 DNA 聚合酶的鈍端連接過程中使用 1 mM 六氨合氯化鈷和 1 mM DTT。
- 我檢查過整個(gè)克隆位點(diǎn)的閱讀框嗎?不是通過測(cè)序。
- 我是否曾經(jīng)將 KlentaqLA 制造的閱讀框關(guān)鍵 PCR 產(chǎn)物克隆到 ORF 的鈍端?是的,根據(jù)編碼產(chǎn)物的酶活性,大約一半的克隆似乎沒有問題。
- 我用過 T 向量嗎?不。

我們有數(shù)據(jù)表明 Taquenase 是循環(huán)測(cè)序的最佳酶。它必須與 MnSO4(除了 MgCl2)一起使用以獲得最佳結(jié)果(Barnes,未發(fā)表)。不幸的是,由于和許可問題(見下文),您無法使用它。

1.25 M 甜菜堿(Sigma 編號(hào) B-2629)也是一個(gè)不錯(cuò)的主意,可包含在循環(huán)測(cè)序反應(yīng)中 [Barnes,未發(fā)表]

“Taquenase”(tm)是兩種Taq突變體的組合。突變體 1 是 N 端缺失 Klentaq1(美國(guó) 5,436,149 和其他國(guó)家正在申請(qǐng)中。突變體 2 是由 Stan Tabor [3] 發(fā)現(xiàn)的 F667Y。F667Y 突變?cè)试S ddNTP 減少 100 到 1000 倍才能正常工作。截至 3 月 25 日, 1997 年,這種突變被授予 Tabor & Richardson 并授權(quán)給 Amersham 的美國(guó) 5,614,365 涵蓋。因此,除非我們獲得 Amersham 的許可,否則我們無法提供這種酶,這是意料之中的。

我們認(rèn)為沒有涉及循環(huán)測(cè)序的(由 M. Craxton, MRC Cambridge, England 發(fā)明),也不是雙脫氧測(cè)序(由 Fred Sanger, MRC Cambridge, England 發(fā)明)

。ddNTP 的意思是“雙脫氧 NTPs”或“雙脫氧終止子”。

NTP是指三磷酸核苷,聚合酶的組成部分。它們可以是 ATP、GTP、CTP 或 UTP==TTP。對(duì)于 RNA,有時(shí)為了清楚起見會(huì)添加前綴 r,例如 rCTP。對(duì)于 DNA,通常會(huì)添加前綴 d,例如 dATP。

雙脫氧是指沒有 OH 基團(tuán)的兩個(gè)位置(2' 和 3' 位置)。

Perkin Elmer 最近將其熒光 ddNTP 的價(jià)格(通過降低濃度)提高了 1000 倍。

DYE-ddNTP 的意思是“DYE 終止劑”或 DYE-雙脫氧終止劑,它會(huì)變得很拗口。它們由 ABI 銷售,但它們最初是由 Dupont 發(fā)明的,可從其子公司 NEN 獲得,或即將推出。

DYE 是指熒光標(biāo)記,由測(cè)序儀上的激光束激活。

Klentaq1 是已知的穩(wěn)定的 Taq DNA 聚合酶形式,在 98 或 99 度的加熱步驟中通過 PCR 測(cè)試。Taquenase 保持這種熱穩(wěn)定性。由于 Thermo Sequenase 是含有 7 個(gè)額外氨基酸的 Taquenase,我們相信它也具有這種更高的熱穩(wěn)定性。

 

上海起發(fā)實(shí)驗(yàn)試劑有限公司
地址:上海浦東川沙鎮(zhèn)川沙路6619號(hào)上海起發(fā)實(shí)驗(yàn)試劑有限公司
郵箱:xs1@78bio.com
傳真:021-50724961
關(guān)注我們
歡迎您關(guān)注我們的微信公眾號(hào)了解更多信息:
歡迎您關(guān)注我們的微信公眾號(hào)
了解更多信息